食品微生物检验的质量控制其实就是为了满足实验室质量要求，制定的相应的计划并实施的一系列的系统活动，其目的就是为了保证实验室的检测结果客观，实事求是的反应检测样品的信息，即保证检测的准确性。
其中质量控制可分为两类：内部质量控制和外部质量评价。
内部质量控制，是指实验室内部采取的以比对分析、跟踪以及对实验室工作的连续性控制计划。这是实验室质量保证的核心和基础，通过对检验人员、操作手册、检测环境、设备仪器及其功能检测、培养基试剂染色液等质量控制、检验过程的质量控制、标准菌株、以及实验室安全防护等方面的要求来进行的。这方面的内容包含微生物检测实验室日常运营的方方面面，一个健全完整的实验室应当在这些方面满足要求。
对于检测人员，应当具备相应的技术能力，并可以提供具备相应技术能力的证明，比如相应的证书等。CNAS-CL09：2013中明确要求：实验室从事微生物检测的关键检测人员应至少具有微生物或相关专业专科及以上学历，或者具有10年以上微生物检测工作经历。这些都是对实验室检测人员的客观和硬性的要求，另外实验室检验人员还应具有高度的主观判断力，根据个人的技能、经验以及细菌学的专业水平可以对实验操作以及实验结果进行判断和分析。同时，实验室还应当有相应技术能力的人负责实验室内的技术工作，并设立质量监督员。
实验室的操作手册，是指实验室应当有一套系统的文件要求，包含实验室运营的各个方面，包括但不限于各级人员的职责和权限、实验室安全措施、样品采集和处理指南、培养基和试剂的配制方法等。实验室的操作手册是纲领性的文件，并且不是一成不变的，在实验室发生改变或者有重大变动时，也应当相应的修改操作手册以适应实验室的运营。
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