检测质量的保证是实验室最基础的能力，即保证样品检验过程的准确性，实验室应定期使用标准物质进行实验室内部的质量控制，也可参加实验室间的比对或能力验证。
另外，使用相同或者不同的试验方法对相同样品进行重复检验来验证实验室的检验过程也是常用的方法。对于计数的精密度也应做出明确的要求，以下是推荐的几种情况下计数的准确度判断：
同一平皿重复计数误差应小于7.7%；实验人员之间用同一平皿重复计数误差±18.2%；自身同一梯度平行加样两皿间相对误差小于7.7%，实验人员之间用同一梯度计数误差±18.2%，不同梯度这间菌落计数最终误差小于7.7%。这是推荐使用的重复计数的要求，实验室也可以根据实验室情况来确定实验室内部的误差允许范围，但误差范围也不应定的过大。关于计数精密度控制也建议每月进行1次。
实验室应当制定标准菌株的保存及使用规范，这个规范也可以包含于实验室操作手册中。其中标准菌株要求是形态、染色反应、生理生化及血清学特性典型而稳定的菌株，要求实验结果重复性好，不易发生变异的，通常来源于专门的机构，例如ATCC、CMCC、CICC等。
常用的菌种保藏方法包括冷冻干燥法（菌种保存中心常用）、冷冻保藏法、培养基保藏法等，各种保藏方法各有其优劣点，实验室可根据实验室内的条件选择相应的保存方法。近年来兴起的冷冻瓷珠保存法因为操作简单、并且保存时间长等优点，已经逐渐成为实验室主流的保藏菌种的方法。
最后，实验室的安全防护也不应忽视。首先实验室的管理人员以及实验人员必须了解相关工作有关的危险，对于新员工以及检测方法出现改变或启用新设备时尤其需要注意。检测过程中产生的废弃物要经过处理才可废弃，例如致病菌检测过程中使用的培养基、鉴定试剂等要经过灭菌后方可废弃。同时，进行致病性微生物相关工作的房间入口处必须要有生物危害的警示标志。
总之，实验室的生物安全管理应当符合GB 19489-2008里的要求。
以上内容基本涵盖了食品微生物检验实验室的 内部质量控制，除了这些，还应定期开展实验室间的质量评价。实验室内部质量控制是质量保证体系的重要组成部分，实验室应参加外部的质量控制活动，并且对于实验室内开展的每一项检测均应参加相应的实验室间质量控制。
实验室外部质量控制具体包括外部机构对实验室进行的一系列的审核以及实验室的检测能力验证。前者的检查项目包括人员的资质以及相关培训，仪器设备的使用、保养和维修校准记录，培养基和试剂的配制记录、保存方法、灭菌质量，操作手册的执行、检测方法和操作规范性，实验室相关环境等等。后者目前国内外广泛采用的方法是用模拟食品标本做质量评价，主要评价实验室在病原菌的分离、鉴定试验等方面的工作情况。
由质控管理机构发放模拟标本或菌种，实验室按照日常的操作方法进行相应的分离鉴定试验。实验室完成鉴定后在规定时间内将检测结果反馈至参考实验室，质控管理部门会对质控结果进行统计分析，将实验室的结果与标准进行比较和统计分析，并作出评估，反馈评估报告，确定实验室相关的检验能力。实验室也要根据评估报告对实验室内部存在的相关问题进行整改，以符合相关的要求。
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