为加强辐照食品监督管理，保障食品安全，国务院和中央编委就食品生产环节应用辐照工艺和使用辐照食品原料对有关监管部门职责进行了明确分工：卫生部负责组织辐照食品安全性评估，组织制定辐照食品有关标准、目录和检验方法。环境保护部负责辐照装置单位辐射安全许可和监督管理，辐照人员资格和培训管理。质检总局负责规范辐照食品标签管理，按照有关标准、目录和检验方法对经辐照装置单位加工处理的食品、食品生产单位使用的辐照食品原料进行监督管理。卫生部、环境保护部、质检总局各司其职，加强配合，并重视发挥有关行业协会的积极作用，共同做好辐照食品的监管工作。
除了进出口检验检疫部门之外，国内监管部门现在没有对市场辐照食品使用剂量开展检查。辐照产品很普遍，只是因为消费者的接受原因，很多厂家的辐照食品并未在包装上明确标注“辐照食”字样，大多数标注了“辐照食品”的产品，字体一般都较小，有的品牌则在外包装上用小字标明“本产品脱水菜、香辛料采用国际惯用辐照杀菌技术处理”，如果不仔细观察，很难发现。大多企业自己没有辐照食品检测仪，根本没办法知道哪些经过辐照，大多数方便面企业都是从外面买回脱水蔬菜、胡椒粉、辣椒粉、姜粉等调味料单品回厂里混合加工成调料包，然而这些调味料往往在进厂前都已经过辐照。
辐照还可能被不法分子用于处理腐败变质或不符合质量安全标准的食品，国家严禁用辐照加工手段处理劣质不合格的食品。一般情况下食品不得进行重复照射。
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