霉菌的种类繁多，但是能产生毒素并能让人致癌的霉菌却只是少数。例如，黄曲霉菌在一定条件下可产生黄曲霉毒素，易感食品为花生、玉米及棉籽等。黄曲霉毒素为强致癌物，对人体的靶器官主要是肝脏，摄入这种毒素可导致肝癌。而在霉菌大家族中，还有一些可供人类食用，用于制作腐乳的霉菌就是一种经过选择的有益食用菌，不产生毒素，也不会使人致癌。上海市曾对胃癌和非胃癌人群饮食情况进行调查表明，由于豆腐在食用菌发酵的过程中产生了很多有益于人体健康的物质，常吃腐乳的人并没有患胃癌危险性增高的现象。
范志红表示，臭豆腐在加工中经过细菌发酵，蛋白质的水解程度比较高，产生的游离氨基酸特别多，因此臭豆腐吃起来鲜味格外浓。因为其中有一部分含硫的氨基酸分解成硫化氢和氨，就有臭气产生。这就是臭豆腐“闻着臭，吃着香”的原因。这一点少量的硫化氢和氨不至于对人体产生毒害，因此也无需特别担心。关键在于，臭豆腐细菌发酵的过程中不能污染任何致病菌。那种把豆腐泡在泔水里制出来的假臭豆腐，是万万不可食用的。
腐乳中必须放很多盐才能帮助防腐，含盐量因品种有所差异，多数品种的平均含钠量能达到2%至3%，相当于含盐量5%至7.5%。虽然腐乳块本身的咸度低于腐乳汁，但一大块重量在20克左右，小块也有10克左右，摄入的总盐量还是相当可观的。如果按5%的含盐量计算，20克酱豆腐含有1克盐。人们要想享受腐乳的营养价值和健康好处，就要用它来替代三餐中的盐，而不能在吃同样多盐的前提下再增加摄入腐乳，即不能增加每天摄入的总盐量。由于腐乳发酵时易被微生物污染，从而产生含硫化合物，而且嘌呤含量普遍较高，因此心血管病、痛风、肾病及消化道溃疡患者最好少吃或不吃。
