按病原学可分为４类。
细菌性食物中毒 如沙门菌、变形杆菌、副溶血性弧菌、致病性大肠埃希菌、葡萄球菌、肉毒梭菌、椰毒假单胞菌酵米面亚种、志贺菌等引起的食物中毒。
食品霉变及真菌毒素中毒 如黄曲霉毒素、赤霉病麦、霉变甘蔗中毒等。
有毒动植物食物中毒 如猪甲状腺、河豚中毒，毒蕈、桐油、发芽的马铃薯中毒等。
化学性食物中毒 如砷、亚硝酸盐、农药引起的中毒等。
细菌性食物中毒的3个危险因素是什么细菌性食物中毒是指人体摄入含有细菌或细菌毒素的食品而引起的食物中毒。在我国，食物中毒中最常见的是细菌性食物中毒。我国每年报告的食物中毒中，细菌性食物中毒人数超过食物中毒总数的50%。
发生细菌性食物中毒有3个危险因素。食品被细菌或其毒素污染 食品被细菌污染常见的有两种原因：①禽、畜在宰杀前就是被感染的病畜、病禽，没检查出来，屠宰后带菌的肉制品流入市场。感染畜、禽最常见的是肠炎沙门菌、猪霍乱沙门菌等沙门菌属。②食品外来污染。这类原因较复杂，细菌通过带菌的工作人员、炊事员污染食品。还可通过苍蝇、蟑螂、老鼠、炊事用具（如刀、砧板、抹布等）、容器、水等途径污染食品。在烹调食品过程中，如果生熟不分开，通过交叉污染，也可使熟的食品遭受污染。据统计，在某些地区每年发生的食物中毒中，大多数是由于在加工制售过程中生熟不分、交叉污染造成的。
食品贮藏不当使细菌滋生繁殖 购回的动、植物食品，即使清洗干净，也不能完全清除污染的细菌。如果温度、水分、营养等多种因素适宜，存放一定时间后，食物中的致病菌会迅速生长繁殖或产生毒素。致病菌多为嗜温菌，一般在20℃~40℃条件下，特别是接近人体的体温（37℃）时，繁殖速度最快。
有的嗜温菌，如葡萄球菌，在10℃~42℃范围内，均可繁殖产生毒素，甚至5℃冰箱内，仍能缓慢生长释放毒素，故有时食用冰箱冷藏食物，也可致食物中毒。
食用前加工不当 如果属于可生食的食品，食用前应充分清洗干净，或去皮后再清洗，并保证不再污染才可食用。属于熟食的食品，食用前未回锅加热或加热不彻底，都存在食物中毒的风险。经长时间贮存的食品，食用前未彻底再加热，中心部位温度达不到70℃以上时，也有风险。有的地区有食半生海产品的习惯，如果这种海鲜遭受到致病菌污染，也可能发生食物中毒。
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