最常见的食物不耐受是乳糖不耐受。由于人体肠道乳糖酶缺乏，牛奶中没有消化的乳糖在肠道菌群的作用下发酵分解产气，引起腹胀、不规则疼痛和腹泻等消化道不适症状。其次是因二氨基氧化酶缺陷引起的组胺不耐受，在摄入富含组胺酸或组胺的食物后，组胺蓄积，引起支气管痉挛、鼻黏膜充血、低血压、心律失常、皮肤瘙痒、荨麻疹等症状。此外，谷物麸质如全谷物、玉米等，以及豆类、坚果和种子、茄科植物、酒精和一些食品添加剂等，也可引起食物不耐受。
引起食物过敏的过敏原多是食物中特定的蛋白质，常见食物有花生、坚果、鸡蛋、牛奶、海鲜，其次是鱼类、芝麻、大豆、小麦等，部分水果蔬菜如莴苣、芹菜、菠萝、芒果等也会引起过敏。
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